夏のソドー島。ある日、スペンサーがボックスフォード侯爵夫婦の別荘をつくるためにやってきました。 わがもの顔にふるまうスペンサーにトーマスは競争を挑みます。
しかし競争中にブレーキが壊れてしまい、止まれなくなってしまったトーマスは見知らぬ支線に入り込んでしまいます。
支線の奥の深い森でトーマスはボロボロになって動けなくなった蒸気機関車に出会います。 彼は昔々、日本からソドー島にやってきた、”鉄道の英雄”と呼ばれて活躍した蒸気機関車の「HIRO（ヒロ）」だったのです。
部品もなく故障しているため、精錬所におくられてしまうとおそれているヒロを、トーマスはパーシーや他のなかまたちと協力して、なんとかヒロを元の役に立つ機関車に修復しようとします。しかし、スペンサーはそんなトーマスたちにしつこく邪魔をしようとします。
トーマスたちはヒロを救えるのでしょうか…？